前期課程には、修士に加えてカトリック教会の教授資格（STL）を与える組織神学コース、聖書研究の方法論を身につける聖書神学コース（M.Bibを授与）、宣教や司牧の実践について学ぶキリスト教教育コース（M.Divを授与）及び教会での奉仕の現場にたずさわる人々を養成する宣教実務者コースを設けるが、いずれも神学全般についての知識と理解を重視する。また研究者養成を主目的とする後期課程（条件を満たせばカトリック教会の学位STDを授与）においては、研究のみでなく教育訓練を課程に組み込む。

カトリック司祭・修道者とカトリック学校での宗教科教員の養成、及び自己のキリスト教信仰を客観的・批判的に省察することにより教会に貢献できる人材養成を主目的とする。